Ο Άγιος Ιωάννης γεννήθηκε στην Κωνσταντινούπολη κατά τα μέσα του 12ου αιώνα, από γονείς πλούσιους και ευσεβείς. Η παρουσία του Ιωάννη του Καλοκτένη στον μητροπολιτικό θρόνο της Θήβας, έδωσε νέα πνοή στην εκκλησιαστική ζωή του βοιωτικού χώρου και την ανάπτυξη της περιοχής.

Ο Άγιος Ιωάννης Καλοκτένης, ο φωτισμένος αυτός εκκλησιαστικός άνδρας ίδρυσε μοναστήρια και μετέτρεψε την ανδρική μονή της Θεοτόκου σε γυναικεία (μονή της Δεκανής, από το όνομα της πρώτης ηγουμένης). Ίδρυσε ναούς στη Θήβα, μεταξύ των οποίων το ναό της Υπερενδόξου Θεοτόκου. Με δική του πρωτοβουλία ιδρύθηκε νοσοκομείο, γηροκομείο, πτωχοκομείο και ξενώνας.

Επίσης, εξέτρεψε τη ροή των υδάτων του Ισμηνού ποταμού προς την πεδιάδα. Διευκόλυνε έτσι την τροφοδοσία των είκοσι υδρομύλων της περιοχής που χρησίμευαν για την άρδευση των καλλιεργειών. Στο πλαίσιο του έργου του για την αναβάθμιση της κοινωνικής θέσης της γυναίκας, γνωρίζουμε ότι ο Καλοκτένης δημιούργησε σχολείο (παρθενώνα) για τη μόρφωση των κοριτσιών. Αυτό ήταν κάτι μη συνηθισμένο και πολύ πρωτοποριακό για την την εποχή του. Η Εκκλησία τον ανακήρυξε Άγιο και η αγαπημένη του Θήβα τον τιμά μεγαλοπρεπώς ως Πολιούχο της, στον ομώνυμο Ναό Του στο κέντρο της πόλεως στις 29 Απριλίου.

Ο σημερινός ναός κτίστηκε περί το 1900 με δαπάνες της βασίλισσας Όλγας, στη θέση παλαιότερου. Κατά την παράδοση, τον πρώτο ναό ίδρυσε ο ίδιος ο Καλοκτένης. ‘Ηταν αφιερωμένος στη Θεομήτορα όπου πιστεύεται ότι είχαν κατατεθεί και τα ιερά λείψανα του Αγίου. Κατά τις εκσκαφικές εργασίες για την διάνοιξη των θεμελίων της Δράκειου Νυχτερινής Σχολής (πρώην Δημαρχείο Θήβας) αποκαλύφθηκαν τα ερείπια αυτού του πρώτου ναού της Θεοτόκου. Από αυτά αποσχίστηκε τοιχογραφία με παράσταση Εισόδου στα Ιεροσόλημα, που εκτίθεται στο Μουσείο Θηβών.

Στο πλαίσιο του έργου του για την αναβάθμιση της κοινωνικής θέσης της γυναίκας, γνωρίζουμε ότι ο Καλοκτένης δημιούργησε σχολείο (παρθενώνα) για τη μόρφωση των κοριτσιών, κάτι μη συνηθισμένο στην εποχή του.